Vergleichende Toxicogenomics Database

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Januar 11, 2016 Romi Benz V 0 0

Die Vergleichs Toxicogenomics Database ist eine öffentliche Website und Recherche-Tool, die wissenschaftlichen Daten beschreiben Zusammenhänge zwischen Chemikalien / Drogen, Gene / Proteine, Krankheiten Taxa, Phänotypen, GO Annotationen, Wege, und Interaktionsmodule kuratiert.

Die Datenbank wird von der Abteilung für Biologische Wissenschaften an der North Carolina State University und der Abteilung für Bioinformatik an der MDI Biological Laboratory gehalten.

CTD wurde auf dem Netz am 12. November 2004 gestartet.

Ziele und Aufgaben

Eines der primären Ziele der CTD ist es, das Verständnis der Auswirkungen von Umweltchemikalien auf die menschliche Gesundheit zu fördern.

Die Ätiologie vieler chronischer Erkrankungen umfasst Wechselwirkungen zwischen Umweltfaktoren und Gene, die wichtige physiologische Prozesse zu modulieren. Chemikalien sind ein wichtiger Bestandteil der Umwelt. Erkrankungen wie Asthma, Krebs, Diabetes, Bluthochdruck, Immunschwäche und Parkinson-Krankheit ist bekannt, dass durch die Umgebung beeinflusst werden; jedoch sind die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen diese Zusammenhänge nicht gut verstanden. CTD kann dazu beitragen, diese Mechanismen zu lösen.

Kerndaten

CTD ist eine einzigartige Ressource, wo biocurators lesen Sie die Fachliteratur und manuell Pfarrer vier Arten von Kerndaten:

  • Chemisch-Gen-Interaktionen
  • Chemisch-Krankheit Verbände
  • Gen-Krankheit Verbände
  • Chemical-Phänotyp-Verbände

Datenintegration

Durch die Integration der oben genannten drei Datensätze, CTD baut automatisch mutmaßlichen chemisch-Gen-Phänotyp-Krankheit Netzwerke zugrunde liegenden molekularen Mechanismen umweltbeeinflussten Erkrankungen zu beleuchten.

Diese Beziehungen abgeleitet werden statistisch bewertet und gereiht und durch Wissenschaftler und Computerbiologen verwendet werden, um zu erzeugen und zu überprüfen überprüfbare Hypothesen über toxikogenomische Mechanismen, und wie sie die menschliche Gesundheit betreffen.

Benutzer können CTD zu suchen, um wissenschaftliche Daten für Chemikalien, Gene, Krankheiten oder Wechselwirkungen zwischen einer dieser drei Begriffe zu erkunden. Derzeit CTD integriert toxikogenomische Daten für Wirbeltiere und wirbellose Tiere.

CTD integriert Daten aus oder Hyperlinks zu diesen Datenbanken:

  • ChemIDplus
  • Drugbank
  • GOAnnotations Ontology Consortium
  • KEGG
  • NCBI Entrez-Gene
  • NCBI PubMed
  • NCBI Taxonomy
  • NLM Medical Subject Headings
  • OMIM
  • Reactome

CTD Veröffentlichungen

Die meisten up-to-date umfangreiche Liste von peer-reviewed wissenschaftlichen Artikeln über CTD ist von ihrer Seite Veröffentlichungen

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