Andrew Kasarskis

Andrew Kasarskis ist ein amerikanischer Biologe. Er ist Co-Direktor des Instituts für Icahn Genomik und Multiskalenbiologie und stellvertretender Vorsitzender der Abteilung für Genetik und Genomwissenschaften an der Icahn School of Medicine am Berg Sinai. Kasarskis ist für die Aufnahme einer netzwerkbasierten Ansatz zur Biologie und zum Richten des ersten medizinischen Schulklasse Angebot den Studierenden die Möglichkeit der vollständigen Sequenzierung und Analyse ihrer eigenen Genome bekannt.

Bildung

Kasarskis abgeschlossen Bachelor-Abschlüsse in Chemie und Biologie an der Universität von Kentucky im Jahr 1992. Im Jahr 1998 promovierte er in der Molekular- und Zellbiologie an der University of California, Berkeley, unter der Leitung von Kathryn Anderson.

Erforschung

Im Laufe seiner Karriere in Industrie und Wissenschaft, Kasarskis Forschung hat über die Verwendung von genetischen und genomischen Daten zusammen mit High-Performance Computing und fortschrittliche Analysewerkzeuge für die biomedizinische Bedürfnisse und zur Verbesserung der klinischen Behandlung konzentriert.

Nach der Promotion arbeitete Kasarskis der Stanford University für zwei Jahre, einen Beitrag zur Entwicklung der verschiedenen Genomdatenbanken. Im Jahr 2000 trat er in der Industrie, die in der Bioinformatik bei Doubletwist und später Rosetta Inpharmatics. Seine Arbeit dort auf die Generierung und Bergbau komplexen biologischen Datensätzen und die Verwendung dieser Informationen zu bauen, vorherzusagen, und das Modell menschlicher Erkrankungen zentriert. Kasarskis arbeitete auch für Sage Bionetworks und Pacific Biosciences vor der Rückkehr in der Wissenschaft.

Im Jahr 2011 wurde Kasarskis stellvertretender Vorsitzender der Abteilung für Genetik und Genomwissenschaften an der Icahn School of Medicine am Berg Sinai und Co-Direktor, zusammen mit Eric Schadt, der Icahn Institut für Genomik und Multiskalen Biologie, wo das Ziel ist es, zu verwenden groß angelegte Datenanalyse zur Verbesserung der Patientenbehandlung. Sein Schwerpunkt liegt auf der Verbesserung der gesundheitlichen Lage durch bessere Data Mining, und sein Forschungsprogramm umfasst die Sequenzierung-basierten Pathogen Überwachung; Pharmakogenomik; elektronische Patientenakten; und Systembiologie an Schlaf, Verhalten und Stress.

Kasarskis ist für die Leitung der ersten Klasse, die medizinische und Doktoranden der vollständigen Sequenzierung erlaubt und ihre eigenen Genome zu analysieren, zusammen mit Co-Ausbilder Michael Linder, George Diaz, Ali Bashir und Randi Zinberg bekannt. Er hat gesagt, dass Kurse wie diese werden von entscheidender Bedeutung für die Ausbildung Teams von Menschen der Lage ist, diese Art der Analyse in einem medizinischen Umfeld zu sein. Er wählte gesamte Genom-Sequenzierung, weil er erwartet, dass die begrenzte Exom-Sequenzierung wird keine relevanten technologischen Ansatz auf lange Sicht sein.

Kasarskis für Verbesserungen an Einwilligungsprotokolle in Patienten Forschung basierend auf dem Konzept, dass Studien mit DNA nicht vollständig anonymisiert werden gefordert. Er wurde in der Zeitschrift Nature den Worten: "Wir müssen über eine Annahme, die man nicht aus den Daten, die über Sie vorhanden sind und richtig arbeiten, um sicherzustellen, dass wir den Schutz der Rechte der Menschen in einer Weise, die uns um die Nutzung zu ermöglichen identifiziert werden, bewegen zitiert Daten, die da draußen für Einzelpersonen und Forscher profitieren. "

Ausgewählte Veröffentlichungen

Pharmakogenomik

  • Smith CC, Wang Q, Chin CS, Salerno S, Damon LE, Levis MJ, Perl AE, Travers KJ, Wang S, Jagd JP, Zarrinkar PP, Schadt EE, Kasarskis A, Kuriyan J, Shah NP. Validierung der ITD Mutationen im FLT3 als therapeutisches Target in humane akute myeloische Leukämie. Nature. Mai-2012 10; 485: 260-3.
  • Kasarskis A, Yang X, Schadt E. Integrative Genomik Strategien, um die Komplexität der Reaktion auf Arzneimittel aufzuklären. Pharmakogenomik. 2011 Dec; 12: 1695-715.
  • Gargis AS, Kalman L, Berry MW, Bick DP, Dimmock DP, Hambuch T, Lu F, Lyon E, Voelkerding KV, Zehnbauer BA, Agarwala R, Bennett SF, Chen B, Chin EL, Compton JG, Das S, Farkas DH , Ferber MJ, Funke BH, Furtado MR, Ganova-Raeva LM, Geigenmuller U, Gunselman SJ, Hegde MR, Johnson PL, Kasarskis A, Kulkarni S, Lenk T, Liu CS, Manion M, Manolio TA, Mardis ER, Merker JD , Rajeevan MS, Reese MG, Rehm HL, Simen BB, Yeakley JM, Zook JM, Lubin IM. Gewährleistung der Qualität der nächsten Generation-Sequenzierung in der klinischen Laborpraxis. Nat Biotechnol. 2012 November; 30: 1033-6.

Krankheitserreger

  • Bashir A, Klammer AA, Robins WP, Chin CS, Webster D, Paxinos E, Hsu D, Ashby M, Wang S, Peluso P, Sebra R, Sorenson J, Bullard J, Yen J, Valdovino M, Mollova E, Luong K , Lin S, Lamay B, Joshi A, L Rowe, Frace M, Tarr CL, Turnšek M, Davis BM, Kasarskis A, Mekalanos JJ, Waldor MK, Schadt EE. Ein Hybrid-Ansatz für die automatisierte Verarbeitung von Bakteriengenomen. Nat Biotechnol. 2012 Juli; 30: 701-7.
  • Rasko DA, Webster DR, Sahl JW, Bashir A, Boisen N, Scheutz F, Paxinos EE, Sebra R, Chin CS, Iliopoulos D, Klammer A, Peluso P, Lee L, Kislyuk AO, Bullard J, Kasarskis A, Wang S , Eid J, Rang D, Redman JC, Steyert SR, Frimodt-Moller J, Struve C, Petersen AM, Krogfelt KA, Nataro JP, Schadt EE, Waldor MK. Ursprünge der E. coli-Stamm verursacht einen Ausbruch von hämolytisch-urämisches Syndrom in Deutschland. N Engl J Med. 2011 August 25; 365: 709-17.
  • Chin CS, Sorenson J, Harris JB, Robins WP, Charles RC, Jean-Charles RR, Bullard J, Webster DR, Kasarskis A, Peluso P, Paxinos EE, Yamaichi Y, Calderwood SB, Mekalanos JJ, Schadt EE, Waldor MK. Der Ursprung des haitianischen Cholera-Stamm. N Engl J Med. Jan. 2011 6; 364: 33-42.

Schlaf

  • Brunner JI, Gotter AL, Millstein J, Garson S, Binns J, Fox SV, Savitz AT, Yang HS, Fitzpatrick K, Zhou L, Owens JR, Webber AL, Vitaterna MH, Kasarskis A, Uebele VN, Turek F, Renger JJ , Winrow CJ. Pharmakologische Validierung von Kandidatenkausal in einer N2 Quer identifiziert Schlaf-Gene. J Neurogenet. 2011 Dec; 25: 167-81.
  • Millstein J, Winrow CJ, Kasarskis A, Owens JR, Zhou L, Summa KC, Fitzpatrick K, Zhang B, Vitaterna MH, Schadt EE, Renger JJ, Turek FW. Identifizierung der ursächlichen Gene, Netzwerke und Transkriptionsregulatoren der REM-Schlaf und wachen. Schlaf. 2011 November; 34: 1469-1477.
  • Winrow CJ, Williams DL, Kasarskis A, Millstein J, Laposky AD, Yang HS, Mrazek K, Zhou L, Owens JR, Radzicki D, Preuss F, Schadt EE, Shimomura K, Vitaterna MH, Zhang C, Koblan KS, Renger JJ , Turek FW. Aufdeckung der genetischen Landschaft für mehrere Schlaf-Wach-Züge. PLoS One. 2009; 4: e5161.
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