ABI Solide Sequencing

Solid ist ein Next-Generation-DNA-Sequenzierungstechnologie von Life Technologies entwickelt und ist im Handel erhältlich seit 2006. Diese Technologie der nächsten Generation erzeugt Hunderte von Millionen, Milliarden von kleinen Sequenz liest auf einmal.

Diese Methode sollte nicht mit "Sequenzierung durch Synthese", ein Prinzip von Roche-454 Pyrosequenzierung verwendet werden, und die Solexa-System verwechselt werden

Diese Methoden haben die Kosten von $ 0.01 / Basis im Jahr 2004 auf fast 0,0001 $ / Basis im Jahr 2006 verringert und erhöhte die Sequenzierungskapazität von 1.000.000 Basen / Maschine / Tag im Jahr 2004 auf mehr als fünf Milliarden Basen / Maschine / Tag im Jahr 2009 über 30 Publikationen existieren beschreiben seine Verwendung zuerst für Nukleosomen-Positionierung von Valouev et al., Transkriptionsprofilierung oder Strang empfindliche RNA-Seq mit Cloonan et al., Einzelzelle Transkriptionsprofilierung mit Tang et al. und letztlich menschlichen Resequenzierung mit McKernan et al.

Die von diesem Gerät verwendete Verfahren wurde berichtet, dass einige Frage Sequenzierung Palindrom-Sequenzen.

Chemie

Eine Bibliothek von DNA-Fragmenten aus der Probe zu sequenzierenden hergestellt und verwendet werden, um klonale Beadpopulationen vorzubereiten. Das heißt, daß nur eine Spezies von Fragment auf der Oberfläche eines jeden magnetischen Kügelchen vorliegen. Die an die magnetischen Kügelchen befestigt Fragmente eine universelle P1 Adaptersequenz gebunden haben, so dass die Ausgangssequenz jedes Fragment sowohl bekannte als auch identisch. Emulsions-PCR erfolgt in Mikroreaktoren alle notwendigen Reagenzien für die PCR enthalten. Die resultierenden PCR-Produkte an die Perlen gebunden werden dann kovalent an einen Glasobjektträger gebunden.

Primer hybridisieren an die P1 Adaptersequenz im Bibliotheksvorlage. Ein Satz von vier fluoreszenzmarkierten Di-Basis Sonden konkurrieren für die Ligation an den Sequenzierungsprimer. Spezifität des Di-Basissonde wird durch Abfragen jedes 1. und 2. Grund in jeder Ligationsreaktion erreicht. Mehrere Zyklen von Ligierung, Detektion und Abspaltung sind mit der Anzahl der Zyklen der Bestimmung der letztendlichen Leselänge durchgeführt. Nach einer Reihe von Ligationszyklen wird das Verlängerungsprodukt entfernt und die Vorlage mit einem Primer, der zu der n-1-Position für eine zweite Runde der Ligationszyklen zurückgesetzt.

Fünf Runden von Primer-Reset werden für jede Sequenz-Tag abgeschlossen. Durch die Primer Reset-Vorgang wird jeder Basis in zwei unabhängige Ligationsreaktionen durch zwei verschiedene Primer verhört. Zum Beispiel die Basis in Leseposition 5 durch Primer-Nummer 2 in Ligationszyklus 2 und durch Primer-Nummer 3 in der Ligationszyklus 1 getestet.

Durchsatz und Genauigkeit

Laut ABI, der feste 3plus-Plattform liefert 60 Gigabasen der verwendbaren DNA-Daten pro Lauf. Aufgrund der zwei Basiscodierungssystem, ist eine inhärente Genauigkeitsprüfung in die Technik gebaut und bietet 99,94% Genauigkeit. Die Chemie der Systeme bedeutet auch, dass es nicht durch Homo- Gegensatz zu der Roche 454 FLX behindert und so groß und schwer Homopolymer Wiederholungsregionen sind nicht länger ein Problem, Sequenz.

Anwendungen

Natürlich wird die Technologie verwendet werden, um DNA zu sequenzieren, aber wegen der hohen Parallelität aller Technologien der nächsten Generation sie haben auch Anwendungen in Transcriptomics und Epigenomics AG.

Microarrays haben in den letzten zehn Jahren die Hauptstütze der Transkriptomik Welt und Array-basierte Technologie hat sich auf andere Bereiche verzweigt. Aber sie sind, dass nur Informationen für Sonden, die auf dem Chip sind erhalten werden beschränkt. Nur Informationen für Organismen, für die Chips sind, erhalten, und sie mit all den Problemen hybridisieren großen Zahl von Molekülen stammen.

Transcriptomics von Next-Gen-Sequenzierung wird diese Hindernisse bedeuten, nicht mehr zutreffen. Die jeden Organismus gesamte Transkriptom könnte möglicherweise in einem Lauf sequenziert werden und würde nicht nur die Identifikation jedes Transkript verfügbar sein, aber Expression Profiling ist möglich, quantitative liest, kann auch erreicht werden.

Chromatinimmunpräzipitation ist ein Verfahren zur Bestimmung von Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen und DNA-Protein-Wechselwirkungen. Es wurde in der Vergangenheit mit Array-Technik mit Erfolg kombiniert. Next-Gen-Sequenzierung kann auch in diesem Bereich eingesetzt werden. Methylierung Immunpräzipitation kann auch auf Anordnungen durchgeführt werden und auch.

Die Möglichkeit, mehr über die Methylierung und TF-Bindungsstellen auf einem genomweiten Maßstab zu lernen, ist eine wertvolle Ressource und konnten uns viel über Krankheiten und Molekularbiologie im Allgemeinen unterrichten.

(0)
(0)
Kommentare - 0
Keine Kommentare

Fügen Sie einen Kommentar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Zeichen übrig: 3000
captcha